Bioperl的安装（一）

2019-11-06 08:21:42

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供稿：网友

bioperl就是相当于一个大柜子，里面有各种关于生物信息分析的perl脚本，功能非常强大。但是由于不是一个安装包，可以一键安装，所以安装的过程有点点麻烦。作为一个专注于生物信息分析的人士，有必要下一个这个东西来摆摆谱。检验是否安装了bioperl的两种方法： 1，在终端。输入以下命令：perldoc Bio::SeqIO或 perldoc Bio::SearchIO 2，运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了网上有这样的几种安装方法：1 sudo apt-get install bioperl （Ubuntu里貌似有源） 2 用CPAN perl -MCPAN -e shell cpan>d /bioperl/ cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz （选择其中的一个）或者是cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz（force强制安装，不会报错）接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes]，或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了这两种方法我都没有成功还有一点我要说一下，用cpan安装的是buddle-bioperl，只是bioperl常用的部分。完整的bioperl还是需要去官网上下载同时如果所有的方法都不行的话，你还可以用cpan对要用到的模块进行单独的安装， 1、确定cpan能用。>perl -MCPAN -e shellcpan>install Bundle::CPANcpan>q2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。>cpancpan>install Module::Buildcpan>o conf PRefer_installer MBcpan>o conf commitcpan>q3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。cpan>install Bio::SeqIO4、安装SeqFeature模块（序列特征信息的获取或解析）。cpan>install Bio::SeqFeature5、安装GenBank模块cpan>install Bio::GenBank6、安装AlignIO和AlignI模块（数据格式格式转换）。cpan>install Bio::AlignIOcpan>install Bio::AlignI7、安装DNAstatistics模块（序列统计分析，进化距离计算）。cpan>install Bio::DNAstatistics 3下载最新的版本来安装 前准备：首先确保你是安装了perl,且版本在5。8以上，通过perl -version可以查看1>确定cpan能用>perl -MCPAN -e shellcpan>install Bundle::CPANcpan>q2>升级cpan，保证安装的模块是最新的.同时module::build是辅助模块，它的安装依赖于其他模块，所以先安装这些模块 >cpancpan>install Module::Buildcpan>o conf prefer_installer MBcpan>o conf commitcpan>q3>下载最新版本的bioperl下载地址：http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl（我选择的是1.6版）>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz>cd BioPerl-1.6.0>perl Build.PL>./Build test>./Build install因为安装的过程中发现我没有权限所以只有>cd BioPerl-1.6.0>perl Build.PL --install_base /sam/bioperl>./Build test>./Build install最后呢我还修改一下bioperl模块下载地址1>先安装local::lib模块在cpan上搜索，下载，解压缩cd ../locallibperl Makefile.PLmake install2>修改cpan下载地址cpancpan > o conf makepl-arg INSTALL_BASE=/sam/boperl/biolib/lib/perl5 >o conf mbuil-arg "--insatll_base /sam/biopel/lib/perl5" >o conf commit 参考网页：柳城博客http://liucheng.name/765/ 生物信息博客 http://bioinformation.cn/?tag=bioperl安装官网：http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl 《perl语言入门》ps:1,安装过程中，最大的问题就是权限问题，因为cpan工具默认把模块安装到与perl解析器相同的目录，但你可能没有往这个系统写文件的权限，所以导致有的时候安装不上。 2,这么下来，我再用上面提到的两种方法一检验，我自己都不知道我的是否安装上，有待以后的考证。

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