怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）

2019-11-06 08:58:34

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怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）

library(SNPassoc)Loading required package: haplo.statsLoading required package: survivalLoading required package: mvtnormLoading required package: paralleldata(SNPs)

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SNPs[1:10,1:9]

id	casco	sex	blood.PRe	protein	snp10001	snp10002	snp10003	snp10004
1	1	Female	13.7	75640.52	TT	CC	GG	GG
2	1	Female	12.7	28688.22	TT	AC	GG	GG
3	1	Female	12.9	17279.59	TT	CC	GG	GG
4	1	Male	14.6	27253.99	CT	CC	GG	GG
5	1	Female	13.4	38066.57	TT	AC	GG	GG
6	1	Female	11.3	9872.46	TT	CC	GG	GG
7	1	Female	11.9	11132.90	TT	AC	GG	GG
8	1	Male	12.4	29973.43	TT	AC	GG	GG
9	1	Male	14.5	31114.29	CT	CC	GG	GG
10	1	Female	12.2	41768.55	TT	AC	GG	GG

dim(SNPs) 157 40mysnp <- snp(SNPs$snp10001,sep="")mysnp T/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T C/T C/C C/T T/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T T/T C/C C/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T C/C T/T T/T C/T T/T C/T C/T C/C C/T C/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T C/C C/T C/T C/T T/T T/T C/T C/T T/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T T/T T/T T/T T/T C/C T/T T/T C/T C/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T T/T T/T C/T C/T T/T T/T T/T C/C T/T T/T C/C C/C C/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T C/T C/T C/T T/T T/T C/C C/T T/T T/T C/T T/T C/T C/T T/T C/T C/T T/T T/T C/T C/T C/T T/T C/C T/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T C/T C/C T/T C/T C/T T/T C/T T/T T/T C/T C/T C/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T T/T T/T T/T C/T T/T C/T C/T C/T C/Tsummary(mysnp)Genotypes: frequency percentageT/T 92 58.598726C/T 53 33.757962C/C 12 7.643312Alleles: frequency percentageT 237 75.47771C 77 24.52229HWE (p value): 0.2816392

可以看到，snp10001，T的频率是0.754，C的频率是0.245. 该位点的哈温平衡测试p值为0.28，说明该位点符合哈温平衡。

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