1990年是入侵检测系统发展史上的一个分水岭。这一年,加州大学戴维斯分校的L. T. Heberlein等人提出了一个新的概念:基于网络的入侵检测——NSM(Network Security Monitor),NSM与此前的IDS系统最大的不同在于它并不检查主机系统的审计记录,它可以通过在局域网上主动地监视网络信息流量来追踪可疑的行为。这是第一次直接将网络流作为审计数据来源,因而可以在不将审计数据转换成统一格式的情况下监控异种主机。从此之后,入侵检测系统发展史翻开了新的一页,入侵检测系统中的两个重要研究方向开始形成:基于网络的IDS和基于主机的IDS。同时,在1988年莫里斯蠕虫事件发生之后,网络安全引起了军方、学术界和企业的高度重视。美国空军、国家安全局和能源部共同资助空军密码支持中心、劳伦斯利弗摩尔国家实验室、加州大学戴维斯分校、Haystack实验室,开展对分布式入侵检测系统(DIDS)的研究,将基于主机和基于网络的检测方法集成到一起。DIDS是分布式入侵检测系统历史上的一个里程碑式的产品,它的检测模型采用了分层结构。
1991年,NADIR(Network Anomaly Detection and Intrusion Reporter)与DIDS(Distribute Intrusion Detection System)提出了收集和合并处理来自多个主机的审计信息以检测一系列主机的协同攻击。